牛奶灭菌器通过水加热牛奶至 60-82 °C 的温度，从而杀死对健康有害的致病菌，同时保留酸奶原有的营养成分。灭菌时间大约为 30 分钟，灭菌后需要迅速降温至 4-5 °C，因为快速的高温和低温变化也会促进残留细菌死亡。

巴氏灭菌在酸奶及乳制品生产中主要以两种方式应用。一种是将牛奶加热到 62-65 °C 30 分钟。另一种是在 75-90 ℃ 下短时间灭菌 15-16 秒，工作效率更高。